ആത്മാവും മനസ്സും തമ്മിലുള്ള പ്രധാന വ്യത്യാസങ്ങൾ താഴെ പറയുന്നവയാണ്: മനസ്സ് (The Mind): ചിന്തകൾ, വികാരങ്ങൾ, വിവേചിച്ചറിയാനുള്ള കഴിവ് (logic), തീരുമാനങ്ങൾ എന്നിവയുടെ കേന്ദ്രമാണ് മനസ്സ്. നാം ചുറ്റുമുള്ള ലോകത്തെ കാണുന്നതും പഠിക്കുന്നതും അനുഭവങ്ങൾ ഓർമ്മിച്ചുവെക്കുന്നതും മനസ്സ് വഴിയാണ്. ആധുനിക ശാസ്ത്രം മനസ്സിനെ തലച്ചോറിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങളുമായാണ് ബന്ധിപ്പിക്കുന്നത്. ആത്മാവ് (The Soul): ആത്മീയമായി നോക്കിയാൽ, ഒരു മനുഷ്യന്റെ നിലനിൽപ്പിന് ആധാരമായ ശാശ്വതമായ ഊർജ്ജമാണ് ആത്മാവ്. ഇത് ശരീരത്തിനും മനസ്സിനും അപ്പുറത്തുള്ള ഒന്നായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. മിക്ക മതങ്ങളിലും ദർശനങ്ങളിലും ആത്മാവ് മരണമില്ലാത്തതും ബോധത്തിന്റെ (consciousness) ഉറവിടവുമാണ്. പ്രധാന വ്യത്യാസങ്ങൾ: പ്രത്യേകത മനസ്സ് ആത്മാവ് സ്വഭാവം എപ്പോഴും മാറിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്ന ചിന്തകളും വികാരങ്ങളും. ശാന്തവും മാറ്റമില്ലാത്തതുമായ സത്ത. ഉറവിടം ഭൗതികമായ അനുഭവങ്ങളുമായും തലച്ചോറുമായും ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ആത്മീയവും പ്രപഞ്ചബോധവുമായും ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ലക്ഷ്യം ലോകത്തെ അറിയാനും ജീവിക്കാനുമുള്ള ഉപാധി. യഥാർത്ഥ സ്വത്വവും ഉന്നതമായ ലക്ഷ്യവും. ശരീരവും മനസ്സും ആത്മാവും ഒരേ താളത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുമ്പോഴാണ് ഒരു വ്യക്തിക്ക് പൂർണ്ണമായ ആരോഗ്യം ലഭ്യമാകുന്നതെന്ന് ആയുർവേദം പോലുള്ള ശാസ്ത്രങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു. മനസ്സിനെ നിയന്ത്രിക്കാനും ആത്മാവിനെ അറിയാനുമായി പലരും ധ്യാനം (Meditation) പോലുള്ള മാർഗ്ഗങ്ങൾ സ്വീകരിക്കാറുണ്ട്. ആത്മാവും മനസ്സും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം കൂടുതൽ ആഴത്തിൽ താഴെ നൽകുന്നു: ഇന്ത്യൻ ദർശനങ്ങൾ (പ്രത്യേകിച്ച് വേദാന്തം) അനുസരിച്ച്, മനുഷ്യൻ ശരീരം, മനസ്സ്, ആത്മാവ് എന്നീ മൂന്ന് തലങ്ങൾ ചേർന്നതാണ്. ഇവ തമ്മിലുള്ള ബന്ധത്തെ വിവരിക്കാൻ രഥത്തിന്റെ ഉപമ (The Chariot Analogy) പതിവായി ഉപയോഗിക്കുന്നു: രഥം: നമ്മുടെ ശരീരം. കുതിരകൾ: നമ്മുടെ പഞ്ചേന്ദ്രിയങ്ങൾ (കണ്ണ്, ചെവി തുടങ്ങിയവ). കടിഞ്ഞാൺ: മനസ്സ് (Manas). കുതിരകളെ (ഇന്ദ്രിയങ്ങളെ) നിയന്ത്രിക്കുന്നത് കടിഞ്ഞാണാണ്. സാരഥി: ബുദ്ധി (Buddhi). കടിഞ്ഞാൺ എങ്ങോട്ട് തിരിക്കണമെന്ന് തീരുമാനിക്കുന്നത് സാരഥിയാണ്. രഥയാത്രികൻ: ആത്മാവ് (Atman). ആത്മാവാണ് യഥാർത്ഥ യജമാനൻ; ആത്മാവിന്റെ സാന്നിധ്യത്തിലാണ് മറ്റുള്ളവയെല്ലാം പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. ആഴത്തിലുള്ള ബന്ധം പ്രകാശവും കണ്ണാടിയും: ആത്മാവ് സ്വയം പ്രകാശിക്കുന്ന ബോധമാണ് (Pure Consciousness). മനസ്സ് ആ പ്രകാശത്തെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്ന ഒരു കണ്ണാടിയെപ്പോലെയാണ്. മനസ്സ് ശുദ്ധമാണെങ്കിൽ ആത്മാവിന്റെ പ്രകാശം വ്യക്തമായി കാണാൻ സാധിക്കും. സാക്ഷിഭാവം (The Witness): മനസ്സിൽ ചിന്തകളും വികാരങ്ങളും ഉയരുമ്പോൾ അവയെ നിരീക്ഷിക്കുന്ന ഒന്നാണ് ആത്മാവ്. "എനിക്ക് ദേഷ്യം വരുന്നു" എന്ന് നാം പറയുമ്പോൾ, ദേഷ്യം മനസ്സിലാണെങ്കിലും അത് തിരിച്ചറിയുന്ന ആ ചൈതന്യമാണ് ആത്മാവ്. മാറ്റമില്ലാത്തതും മാറുന്നതും: മനസ്സ് നിരന്തരം മാറിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്നു (സന്തോഷം, ദുഃഖം, ഭയം). എന്നാൽ ആത്മാവ് ഈ മാറ്റങ്ങൾക്കെല്ലാം അപ്പുറം മാറ്റമില്ലാതെ നിലകൊള്ളുന്നു. അന്തഃകരണം (Inner Instrument): വേദാന്തപ്രകാരം മനസ്സ് ആത്മാവിന്റെ ഒരു 'ഉപകരണം' മാത്രമാണ്. ഇതിനെ നാലായി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു: മനസ്സ് (Manas): സംശയങ്ങളും ചിന്തകളും. ബുദ്ധി (Buddhi): തീരുമാനമെടുക്കാനുള്ള കഴിവ്. ചിത്തം (Chitta): ഓർമ്മകൾ ശേഖരിച്ചുവെക്കുന്ന സ്ഥലം. അഹങ്കാരം (Ahamkara): 'ഞാൻ' എന്ന ഭാവം. ആധുനിക വീക്ഷണം ആധുനിക മനഃശാസ്ത്രം മനസ്സിനെ തലച്ചോറിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങളായി കാണുമ്പോൾ, ആത്മീയ ശാസ്ത്രം മനസ്സിനെ ആത്മാവിനും ശരീരത്തിനും ഇടയിലുള്ള ഒരു പാലമായിട്ടാണ് കണക്കാക്കുന്നത്. ധ്യാനത്തിലൂടെ മനസ്സിനെ ശാന്തമാക്കുമ്പോൾ ആത്മാവിന്റെ യഥാർത്ഥ സ്വരൂപം തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയുമെന്ന് പറയപ്പെടുന്നു.