ഉചിതസ്ഥലം അന്വേഷിച്ച് ബൃഹസ്പതിയും(ഗുരു) വായുവും അലഞ്ഞു നടക്കവേ പരശുരാമന്റെ ക്ഷണം സ്വീകരിച്ച് കേരളത്തിലെത്തി. രുദ്രതീര്ഥക്കരയില് എത്തിയ ഇവരെ രുദ്രന് തീര്ത്ഥക്കുളത്തിനു മുകളിലെത്തി ഉത്തമസ്ഥലം ഇതെന്നു ബോധ്യപ്പെടുത്തി. കൂടാതെ തീര്ത്ഥക്കുളത്തിനു മറുകരയില് മമ്മിയൂരില് പാര്വതീസമേതനായി കുടികൊള്ളാമെന്നും അരുളിചെയ്തു. ഈ സ്ഥലം നിങ്ങളുടെ പേരില് അറിയപ്പെടു(ഗുരുവായൂര്)മെന്നും പരമേശ്വരന് അനുഗ്രഹിച്ചു. പ്രതിഷ്ഠനടന്നത് കുംഭമാസത്തിലാണ്. ക്രിയകള് പൂയം നാളില് തുടങ്ങി അനിഴം നാളില് അവസാനിച്ചു. തുടര്ന്ന് ഗുരുവും വായുവും ദേവശില്പ്പിയായ വിശ്വകര്മ്മാവിനെ ക്ഷേത്രനിര്മ്മാണത്തിന് ചുമതലപ്പെടുത്തി.മേടം ഒന്നിന് വിഷുദിവസം ഉദയസൂര്യന് സ്വകരങ്ങള് കൊണ്ടു ഭഗവദ്പാദങ്ങളില് അഭിവാദ്യം ചെയ്യത്തക്കവിധം ക്ഷേത്രം രൂപ കല്പ്പന ചെയ്തു. പരമേശ്വരന്റെ അനുഗ്രഹാശിസുകളുള്ളതിനാല് മമ്മിയൂരില് തൊഴുതാലെ ഗുരുവായൂര് ക്ഷേത്രദര്ശനഫലം പൂര്ണമാകൂ എന്നാണ് വിശ്വാസമുള്ളത്. വൈകുണ്ഠത്തില് മഹാവിഷ്ണു പൂജിച്ചിരുന്ന വിഗ്രഹമായതിനാല് ഗുരുവായൂര് ഭൂലോകവൈകുണ്ഠമാകുന്നു.
വിഷ്ണുവിന്റെ പൂർണ്ണാവതാരമായ ശ്രീകൃഷ്ണൻ എന്ന രൂപത്തിലാണ് ഗുരുവായൂരിലെ പ്രതിഷ്ഠ. പാതാളാഞ്ജനം എന്ന വിശിഷ്ടവും അപൂർവ്വവും ആയ കല്ലുകൊണ്ടാണ് വിഗ്രഹം നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്. നിൽക്കുന്ന രൂപത്തിൽ കാണപ്പെടുന്ന ഭഗവാൻ 4 കൈകളിൽ പാഞ്ചജന്യം (ശംഖ്), സുദർശനചക്രം, കൗമോദകി (ഗദ), താമര എന്നിവ ധരിച്ചിരിക്കുന്നു. മാറിൽ ശ്രീവത്സം എന്ന അടയാളവും, കൗസ്തുഭം തുടങ്ങിയ ആഭരണങ്ങളും, മഞ്ഞപ്പട്ടും ധരിച്ച് കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് ഗുരുവായൂരപ്പൻ വാഴുന്നത്.
വിഷ്ണുവിന്റെ പൂർണ്ണാവതാരമായ ശ്രീകൃഷ്ണൻ എന്ന രൂപത്തിലാണ് ഗുരുവായൂരിലെ പ്രതിഷ്ഠ. പാതാളാഞ്ജനം എന്ന വിശിഷ്ടവും അപൂർവ്വവും ആയ കല്ലുകൊണ്ടാണ് വിഗ്രഹം നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്. നിൽക്കുന്ന രൂപത്തിൽ കാണപ്പെടുന്ന ഭഗവാൻ 4 കൈകളിൽ പാഞ്ചജന്യം (ശംഖ്), സുദർശനചക്രം, കൗമോദകി (ഗദ), താമര എന്നിവ ധരിച്ചിരിക്കുന്നു. മാറിൽ ശ്രീവത്സം എന്ന അടയാളവും, കൗസ്തുഭം തുടങ്ങിയ ആഭരണങ്ങളും, മഞ്ഞപ്പട്ടും ധരിച്ച് കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് ഗുരുവായൂരപ്പൻ വാഴുന്നത്.