ഗുരുവായൂര്‍ ക്ഷേത്രത്തിൽ മഹാവിഷ്ണു ഗുരുവായൂരപ്പനായി പ്രതിഷ്ഠിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. രുദ്ര(ശിവ)നും പ്രചേതസുകളും വളരെ കാലം തപസ്സുചെയ്തതിനാല്‍ ഗുരുവയൂര്‍ ഒരു പുണ്യഭൂമിയായിമാറി. ഈ രുദ്രതീര്‍ഥത്തിലാണ് ഇന്നും ഗുരുവായൂരപ്പന്‍റെ ആറാട്ട്. ശ്രീനാരായണ തീര്‍ത്ഥമെന്നും ഇതിനു പേരുണ്ട്. രുദ്രതീര്‍ത്ഥത്തില്‍ മുങ്ങിക്കിടന്ന് രുദ്രന്‍ വിഷ്ണുവിനെ തപസുചെയ്യുന്ന കാലത്ത് പ്രചേതസ്സുകള്‍ പിതാവിന്‍റെ നിര്‍ദ്ദേശമനുസരിച്ച് പ്രജാസൃഷ്ട്യാര്‍ഥം മഹാവിഷ്ണുവിനെ തപസുചെയ്ത് പ്രത്യക്ഷപ്പെടുത്തുവാന്‍ തീര്‍ത്ഥക്കരയിലെത്തി. ഇതറിഞ്ഞ് പരമശിവന്‍ മുകളിലേക്ക് വന്ന് അവര്‍ക്ക് രുദ്രഗീതം ഉപദേശിച്ചു. ഇതു ജപിച്ച് പ്രചേതസ്സുകള്‍ പതിനായിരം വര്‍ഷം തപസു ചെയ്ത് വിഷ്ണുവിനെ പ്രസാദിപ്പിച്ചു. അവര്‍ക്ക് ദക്ഷപ്രജാപതിയെ പുത്രനായി ലഭിച്ചു.

മഹാവിഷ്ണു വൈകുണ്ഠത്തില്‍ വച്ചുപൂജിച്ചിരുന്ന പതാളാഞ്ജനശിലാ വിഗ്രഹമാണ് ഗുരുവായൂര്‍ ക്ഷേത്രത്തിലേത്‍ എന്നത് അതിന്‍റെ വൈശിഷ്ട്യം വെളിവാക്കുന്നു.വിഷ്ണു ഇത് ബ്രഹ്മാവിനു നല്‍കി. ബ്രഹ്മാവ് ഇത് സുതപസിനും അദ്ദേഹം കശ്യപപ്രജാപതിക്കും പ്രജാപതി വസുദേവര്‍ക്കും കൈമാറിയ വിഗ്രഹം ശ്രീകൃഷ്ണന്‍ ദ്വാരകയില്‍ വച്ചു പൂജിച്ചുപോന്നു. ദ്വാരക പ്രളയത്തിലാണ്ടുപോകുമ്പോള്‍ ജലോപരിയില്‍ ഒരു വിഗ്രഹം കാണാമെന്നും കലിയുഗത്തില്‍ എല്ലാവര്‍ക്കും മോക്ഷപ്രാപ്തിക്കായി ആരാധിക്കാന്‍ ഇത് ഉചിതമായ സ്ഥലത്ത് പ്രതിഷ്ഠിക്കാന്‍ ദേവഗുരുവായ ബൃഹസ്പതിയോടു പറയാന്‍ സ്വര്‍ഗാരോഹണത്തിനു മുമ്പു ഉദ്ധവരെ ഏല്‍പ്പിച്ചു. അതാണ് ഗുരുവായൂര്‍ ക്ഷേത്രത്തില്‍ ഇന്നു കാണുന്ന വിഗ്രഹം.